Prefekt utses av dekanus på förslag från institutionsstyrelsen och efter särskild beredning där samråd med dekanus äger rum. Alternativt kan extern rekrytering av prefekt tillämpas. Även ett sådant förfarande skall beredas i samråd med dekanus.
Prefekten ansvarar för den dagliga ledningen av institutionen och har beslutanderätt i alla löpande och operativa ärenden. Prefekten har det samlade ansvaret för institutionens verksamhet, förvaltning, ekonomi, personal och arbetsmiljö. Mer konkret innebär detta:
De två biträdande prefekterna vid institutionen utses av dekanus efter förslag av prefekten. Prefekten skall först lyfta sitt förslag för institutionsstyrelsen. Den ena biträdande prefekten ges uppdraget att vara prefektens ställföreträdare samt vice ordförande i institutionsstyrelsen. De biträdande prefekterna har särskilda ansvarsområden. Denna arbetsfördelning kan variera och vara olika vid olika mandatperioder.
Biträdande prefekt med ansvar för utbildning på grund- och avancerad nivå har samordnande ansvar för dessa utbildningars genomförande samt beslutar i löpande frågor enligt vad som delegerats från prefekten. Den biträdande prefekten har visst delegerat personalansvar vilket innefattar bl.a. att bistå prefekten med medarbetarsamtal. Den biträdande prefekten är sammankallande för utbildningsledarkonferensen. Uppdraget innefattar ett pedagogiskt ledarskap, inkluderande pedagogiskt utvecklingsarbete, kvalitetsutveckling, planering av innehåll i och organisering av utbildningen. Den biträdande prefekten ansvarar för planering av utbildningsuppdrag, fördelning av helårsstudieplatser bland ämnets kurser, undervisningsbemanning samt uppföljning av studieprestationer. Den biträdande prefekten är också koordinerande studierektor för utbildning på grund- och avancerad nivå.
Biträdande prefekt med särskilt ansvar forskning beslutar i löpande frågor enligt vad som delegerats från prefekten. Den biträdande prefekten är ordförande och sammankallande för institutionens forskningsnämnd (FOR). I uppdraget ingår ett samordnande ansvar för beredning, planering och utveckling av en forskningsstrategi och forskningssamordning. I detta inbegrips ett uppdrag att verka för att främja integration och samordning på institutionen samt att ett stärka institutionens forskningsprofil. Vidare ingår ett ansvar för att kvalitetsarbetet vad gäller forskning stärks. Med uppdraget följer också ett ansvar för det gemensamma forskningsseminariet.